Selon les connaissances actuelles, l'effet du fenticonazole, comme les autres imidazolés, est dû à l'inhibition de la biosynthèse de l'ergostérol. Le blocage de l'activité des enzymes oxydantes avec augmentation toxique ultérieure de la concentration en peroxyde d'hydrogène semble également contribuer à la mort de la cellule fongique.